监察机关的调查不同于检查，检查的对象带有随机性，目的在于通过检查，了解监察对象遵纪守法、依法行政的情况，从中总结经验，吸取教训，也从中找出问题、解决问题。而调查的对象则具有确定性，即是具有违反行政纪律嫌疑的行政机关、国家公务员或者行政机关任命的其他人员。

    《行政监察法》第30条规定，监察机关按下列程序对违反行政纪律的行为进行调查处理：（1）初步审查和立案。即对需要调查处理的事项进行初步审查，认为有违反行政纪律的事实，需要追究行政责任的，予以立案。对重要复杂案件的立案，应当依法报本级人民政府和上级监察机关备案。（2）立案后要组织实施调查取证工作。首先要组织好调查班子，制定调查方案并积极组织实施。调查应全面收集证据，即对能证明监察对象有违法违纪行为的证据或者没有违法、违纪行为的证据都应收集。调查需要有关方面协助的，可按《行政监察法》第22条的规定，提请有关机关予以协助，调查的事项如涉及其他单位和个人的，监察机关有权根据《行政监察法》第26条的规定进行查询，所涉及的机关和个人有义务予以协助。调查中监察机关应当按《行政监察法》第33条的规定，充分听取被监察部门和人员的陈述和早辩。（3）审理。对调查有证据证明被调查对象有违反行政纪律的事实，需要给予行政处分或者其他处理的，应由专门的审理人员进行审理，审理中如发现证据不充分或手续不完备的，应请示监察机关负责人，经同意后可以补充调查或补办手续。对重要、复杂的案件或者调查人员和审理人员有不同看法，或者审理人员觉得对如何处理有困难的，应提交审理委员会审议。（4）作出决定或提出建议。根据审理的结果，如遇有《行政监察法》第24条规定的两种情形的：违反行政纪律，依法应当给予行政处分的；违反行政纪律取得的财物，依法应当没收、追缴或者退赔的，监察机关既可以直接作出监察决定，也可提出监察建议。但关于行政处分的决定或建议，应当按国家有关人事管理权限和处理程序的规定办理。如遇有《行政监察法》第23条规定的情形，应提出监察建议。